Das dritte Jahrzehnt brachte ohne Zweifel die schwierigsten Rahmenbedingungen der Sparkasse-Schülerliga. Neben Einsparungen im Schulbereich, die sich auf ein Sinken der Teilnehmerzahlen von rund 400 (1991) auf rund 300 Teams (2002) ausgewirkt hatten, kam es im Jahr 1997 auch zu Problemen mit der Finanzierung des Bewerbes. Grund dafür waren große Veränderungen im Sparkassensektor, wodurch mit der Bank Austria ein wichtiges Mitglied der Sponsorengruppe ausfiel. Dem Vorsitzenden der Arbeitsgemeinschaft Schul-Volleyball Norbert Bayer gelang es, ein neues Finanzierungsmodell zu verhandeln, bei dem die s Bausparkasse durch eine Umorganisation den Ausfall der Bank Austria übernahm. Es gab aber viele Einsparungen, die sich vor allem bei der Ausrüstung der Schülerinnen mit Dressen bemerkbar machten.

Große Schwierigkeiten brachte auch der Umstieg der Organisation auf die EDV, der 1999 mit einer Schülerliga-Homepage begann und in den folgenden Jahren eine Umstellung des Anmeldewesens mit sich brachte.

Im Jahr 2001 übernahm Ewald Bauer den Vorsitz in der Sparkasse-Schülerliga von Norbert Bayer, der in den Ruhestand ging. Er erinnert sich an seine ersten Jahre: „Ich habe 2001 Schuhe, die mir viel zu groß waren, und eine Latte, die mich den Horizont nicht sehen ließ, vorgefunden. Aber ich war in der Champions Liga des Schulsports angekommen. Gleich in meiner ersten Exekutivkomiteesitzung wurde ich mit einem ganz Großen des Österreichischen Volleyballs konfrontiert. Präsident Peter Kleinmann nahm sich der Sparkasse-Schülerliga an und unterstützt sie bis heute. Wir standen vor großen Herausforderungen, es gab aber viele, die mir in dieser schwierigen Zeit zur Seite standen und zu denen ich im Laufe der Zeit eine echte Freundschaft aufbauen durfte.